Η ΕΔ ΕΣΠΑ ΥΠΕΚΥΠ διαρθρώνεται σε τρεις (3) Μονάδες ως εξής:
- Μονάδα Α: Σχεδιασμού και Προγραμματισμού Δράσεων.
- Μονάδα Β: Υποστήριξης Ένταξης και Παρακολούθησης Δράσεων, Εφαρμογής Συστημικών Παρεμβάσεων και Υλοποίησης έργων.
- Μονάδα Γ: Διοικητικής Υποστήριξης και Τεχνικής Βοήθειας.
